Müzik Bilimleri Bölümü, Güzel Sanatlar Fakültesi altında Ege Üniversitesine bağlı olarak 1975 yılında kuruldu. Fakültemizin kurucuları arasında da yer alan Prof. Dr. Gültekin Oransay’ın kurduğu bölüm, ertesi yıl eğitime başladı. Fakülte daha sonra 1982 yılında Ege Üniversitesinden ayrılarak Dokuz Eylül Üniversitesi’ne bağlandı.

Uzun bir süre yalnızca Müzik Bilimleri Anabilimdalı’nı içeren bölüme, 2007 yılında, bölüm içinde 1991’den beri önce opsiyon sonra program olarak faaliyet gösteren Müzik Teknolojisi Anabilimdalı eklendi. Şu anda bölüm her iki anabilimdalıyla eğitim-öğretimini sürdürmektedir.

Özel Yetenek Sınavları ile öğrenci kabul edilen bölümde bu sınavlar her iki anabilimdalı için ayrı ayrı yapılmaktadır ve her iki anabilimdalında da 4 yıllık Türkçe eğitim verilmektedir. Bölümde aynı zamanda Güzel Sanatlar Enstitüsü’ne bağlı olarak Müzik Bilimleri için Yüksek Lisans ve Doktora, Müzik Teknolojisi için yalnızca Yüksek Lisans programları bulunmaktadır.